Yijian-quiet/dsh-mol#dsh-bundle

把 dsh-mol（本地优先的化学工作台）接入 DeepSeek Harness。

装上之后，模型侧会多出这 12 个工具：

mcp__chem__chem_check_smiles        SMILES 校验 + 规范化（三级结果 + 人话原因 + 字符定位）
mcp__chem__chem_properties          分子式 / MW / 精确质量 / logP / TPSA / HBD / HBA …
mcp__chem__chem_analyze             一次给全：性质 + 类药性 + 结构警报 + Murcko 骨架
mcp__chem__chem_druglikeness        Lipinski / Veber 逐条判定、QED、PAINS / BRENK 警报
mcp__chem__chem_draw_molecule       画结构图（PNG/SVG，可标原子编号、可高亮子结构）
mcp__chem__chem_draw_grid           多分子拼图
mcp__chem__chem_convert             smiles / inchi / inchikey / mol / sdf / formula 互转
mcp__chem__chem_standardize         去盐 / 去金属 / 中和 / 规范化（逐步记录改了什么）
mcp__chem__chem_dedupe              按规范化结构去重
mcp__chem__chem_substructure_match  SMARTS 子结构匹配
mcp__chem__chem_similarity          指纹相似度
mcp__chem__chem_batch_clean         批量清洗，逐条报告失败

纯本地、零网络、零 API key。 走的是 stdio MCP，不联网。 （容易混淆：只有"远端 MCP"才走网络。）

这个包是什么

它只贡献配置、不含 JS 代码：插入一条 @deepseek-ai/dsh-mcp-client 记录， 指向 dsh-mol 的 stdio MCP 服务。工具实现全部在 Python 侧，避免两套实现漂移。

前置条件

需要有 dsh-mol 的 MCP 服务可执行。三条路都通，按方便程度选：

A. 从 PyPI 安装（推荐）

pip install 'dsh-mol[mcp]'
# 之后 PATH 上会有 dsh-mol-mcp；自检：dsh-mol-mcp --selftest

B. 从 Git 安装（PyPI 不方便时用，比如内网/离线环境）

pip install "dsh-mol[mcp] @ git+https://github.com/Yijian-quiet/dsh-mol.git"

C. 从源码运行（不装包）

git clone https://github.com/Yijian-quiet/dsh-mol.git
export MOL_MCP_COMMAND=python3
export MOL_MCP_ARGS='-m dsh_mol_mcp.server'
export PYTHONPATH=/path/to/dsh-mol/src

npm 上的 dsh-mol / dsh-chem-ui 尚未发布（2026-09-26），所以插件本身仍用 dsh plugin add github:… 安装。这不影响任何功能 —— 市场条目里给的也是这条命令。 发布后会更新这里（以及插件市场里那条描述）。

为什么用环境变量而不是写死路径：cordis.patch.yml 里用的是 !!js 表达式， 在 loader 上下文求值，因此可以读 process.env。这样一个 patch 能在不同机器、 不同安装方式下通用，而不是到处手改绝对路径。

安装

dsh plugin --profile <profile> add dsh-mol

dsh plugin add 会把包加进该 profile 的 dsh.profile.bundles，无需手改 YAML。 装完重启 dsh 生效（dsh web 之类的常驻进程需要重启）。

⚠️ 实测踩坑：dsh plugin --profile X add 在 profile 不存在时会从 dsh-base 初始化， 而 base 不含任何 app bundle。这样的 profile 启动后不会执行你给的一次性任务 （命令行参数被静默忽略，什么都不输出）。要跑一次性任务，profile 里必须有 app 层 （如 @deepseek-ai/dsh-headless 或 web app）。做法：把 bundle 装进 已有的 profile（如 web），或从模板建：dsh --profile <name> --from-default-profile headless。

输出目录

图片与报表默认写到 dsh 进程的工作目录下的 dsh-mol-out/ （patch 里 cwd: !!js process.cwd()）。要固定位置，导出环境变量：

export MOL_OUT=/path/to/chem-out

诊断语言

默认中文。英文环境在启动 dsh 之前导出即可（stdio 桥会继承该变量）：

export MOL_LANG=en     # zh（默认）/ en

code 字段与语言无关，别依赖文案做判断。

验证

# 1) 组合后的配置里应出现一条 id: dsh-mol
dsh --profile <profile> --dump-config | grep -A8 dsh-mol

# 2) 实际调用（新开一个会话，别复用旧会话的上下文）
dsh --profile headless "调用 chem 工具校验 C1CC，原样引用它给的中文错误原因"

期望看到：

环闭合标记没有配对：SMILES 里的成环数字（如 C1...C1）出现次数必须是偶数

卸载

dsh plugin --profile <profile> remove dsh-mol

许可

MIT